Ο σχεδιασμός καλύπτει θαλάσσια έκταση άνω των 9.000 τετραγωνικών χιλιομέτρων και χερσαία άνω των 250, περιλαμβάνοντας 73 συμπλέγματα νησιών και νησίδων και 18 περιοχές Natura 2000. Μεταξύ των νησιών με προστατευόμενες χερσαίες περιοχές βρίσκονται η Μήλος, η Σαντορίνη, η Αμοργός και η Φολέγανδρος.
Το σχέδιο καθορίζει επιτρεπόμενες χρήσεις σε 196 ζώνες προστασίας. Προβλέπει απαγόρευση αλιευτικών εργαλείων που σύρονται στον πυθμένα, με πρόνοια αποζημίωσης των επηρεαζόμενων αλιέων, εποχικούς περιορισμούς αλιείας κοντά στις ακτές και σταδιακό περιορισμό της ανεξέλεγκτης αγκυροβόλησης σε ευαίσθητους οικοτόπους. Τα διαχειριστικά μέτρα θα εξειδικευτούν στο Σχέδιο Διαχείρισης.
Η περιοχή φιλοξενεί σημαντικούς πληθυσμούς μεσογειακής φώκιας και θαλασσοπουλιών, καθώς και λιβάδια Ποσειδωνίας. Οι ρυθμίσεις περιλαμβάνονται ακόμη σε σχέδιο διατάγματος· η κατάθεσή του στο ΣτΕ αποτελεί στάδιο προς την έκδοσή του.
